Unternehmerische Entscheidungen des Geschäftsführers dürfen nicht nur wirtschaftlichen Gesichtspunkten genügen, sondern müssen einer Reihe von weiteren Anforderungen insbesondere in folgenden Bereichen gerecht werden.
Organisation interner Abläufe - Zu den Pflichten des Geschäftsführers gehört es, Betriebsabläufe so zu organisieren, dass keine Personen- und Vermögensschäden entstehen. Grundsätzlich haftet ein Geschäftsführer aber nicht für unerlaubte Handlungen seiner nachgeordneten Mitarbeiter. Er hat jedoch eine Organisations- und Überwachungspflicht, deren Wahrnehmung er, z.B. durch Dokumentation, nachweisen muss.
Produktverantwortung - Der Geschäftsführer trägt die Verantwortung dafür, die Produkte auf mögliche Fehler zu überwachen und ggf. Rückrufaktionen zu veranlassen. Verletzt er diese Pflicht, kann er sich z.B. wegen Körperverletzung strafbar machen, wenn Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass ein Produkt der GmbH zu körperlichen Schäden für Dritte führt.
Wahrnehmung der Arbeitgeberfunktion - Arbeitgeber ist grundsätzlich die GmbH. Jedoch haftet der Geschäftsführer persönlich für die Einhaltung bestimmter Arbeitgeberpflichten. Gemäß § 266a StGB macht der Geschäftsführer sich strafbar, wenn er den Arbeitnehmeranteil zur Sozialversicherung nicht an die Sozialversicherungsträger weiterleitet oder zum Arbeitgeberanteil zur Sozialversicherung unzutreffende Angaben macht. Zudem folgt eine persönliche Haftung des Geschäftsführers für die Sozialversicherungsbeiträge.
Verhalten gegenüber der eigenen GmbH - Für den Geschäftsführer (selbst für den Gesellschafter-Geschäftsführer als einzigen Inhaber einer GmbH) ist die GmbH eine fremde Person; das Gesellschaftsvermögen ist sogar strafrechtlich geschützt. Greift der Geschäftsführer unberechtigt in das Gesellschaftsvermögen ein, so begeht er eine strafbare Untreue gemäß § 266 StGB. Praxisrelevant ist keineswegs nur der „direkte Griff“ in die Kasse. Auch bei geschäftlichen Maßnahmen, die sich nachteilig auf die GmbH auswirken, z.B. Zahlung unnötiger Provisionen, kann eine Strafbarkeit des Geschäftsführers wegen Untreue in Frage kommen. Allein der Abschluss von Risikogeschäften begründet den Untreuevorwurf jedoch grundsätzlich nicht.
Kapitalveränderungen - Ähnlich wie im Gründungsstadium treffen den Geschäftsführer auch bei der Anmeldung einer Kapitalerhöhung oder einer Kapitalherabsetzung besondere Pflichten, deren Verletzung nach § 82 GmbHG strafbewährt ist. Dies betrifft bei der Kapitalherabsetzung insbesondere die Richtigkeit der Versicherung, dass die Gläubiger, die der Kapitalherabsetzung nicht zugestimmt haben, befriedigt oder sichergestellt sind.
Geheimhaltungspflichten - Ein Geschäftsführer darf Unternehmensgeheimnisse nur an Dritte weitergeben, wenn dies im Interesse der GmbH ist. Bei der unbefugten Weitergabe oder Verwertung von Betriebs- bzw. Geschäftsgeheimnissen der GmbH kann der Geschäftsführer sich nach § 84 GmbHG strafbar machen. Ein besonderer Sorgfaltsmaßstab ist z.B. bei einer due diligence im Rahmen eines Unternehmenskaufes anzuwenden, bei der regelmäßig Unternehmensgeheimnisse weitergegeben werden. Sinnvoll ist es, die Zustimmung aller Gesellschafter zur Weitergabe der Informationen einzuholen. Bei einem Scheitern des Unternehmenskaufes drohen dem Geschäftsführer dann keine strafrechtlichen Sanktionen.
Bilanzierung - Bilanzmanipulationen, z.B. der Ausweis nicht vorhandener Vorräte, sind auch außerhalb von Krise und Insolvenz nach § 331 HGB unter Strafe gestellt. Besonderheit ist, dass ein Schaden durch die Manipulationen nicht einzutreten braucht. Bereits das bloße Handeln ist unter Strafe gestellt.
Verhalten gegenüber Dritten - Ins Visier der Ermittlungsbehörden geraten in letzter Zeit verstärkt Korruptionsdelikte in Form der Angestelltenbestechlichkeit, z.B. durch die Annahme von Vorteilen gegen eine Begünstigung beim Bezug von Waren. Die Vorteilsannahme ist nach § 299 StGB unter Strafe gestellt. Täter auf der Nehmerseite kann jedoch nur ein angestellter Geschäftsführer sein. Gesellschafter als Geschäftsinhaber bleiben straflos. Wettbewerbsbeschränkende Absprachen sind nach § 298 StGB strafbewährt (Submissionsbetrug). Strafbar ist danach die Abgabe eines Angebotes, das auf einer rechtswidrigen Absprache beruht. Beeinflussungen von Submissionsverfahren können auch unter dem Betrugstatbestand des § 263 StGB erfasst werden.
Steuerliche Pflichten - Nach § 34 AO hat der Geschäftsführer sämtliche steuerliche Pflichten der GmbH zu erfüllen. Allein die nicht fristgerechte Abgabe einer Steuererklärung der GmbH bewirkt schon eine strafbare Steuerhinterziehung auf Zeit (§ 370 AO) durch den Geschäftsführer, wenn eine Steuerschuld besteht. Die verspätete tatsächliche Abgabe der Steuererklärung wird jedoch als strafbefreiende Selbstanzeige gewertet. Die Steuernachzahlung ist für die Erlangung der Straffreiheit hier nicht erforderlich, da Steuerschuldner nicht der Geschäftsführer, sondern die GmbH selbst ist. Es bleibt aber die steuerliche Haftung des Geschäftsführers für die hinterzogenen Steuern. Besonderheiten sind bei der verspäteten Abgabe von Lohnsteuer- und Umsatzsteueranmeldungen zu beachten. Die strafbefreienden Selbstanzeige schließt die Verfolgung von Ordnungswidrigkeiten nach § 380 AO bei der Lohnsteuer und nach §§ 26a und 26b UStG bezüglich der Umsatzsteuer nicht aus.